儿科医学部于2020年7月挂牌成立。下设新生儿科、儿童重症科、小儿内科、小儿外科、儿科研究所、门急诊6个亚专科，含专业学组15个。现有高职专家39名，专业技术人员1035人。是国家临床重点专科、军队科技创新群体、全军儿科研究所、全军优生优育技术研究所、博士学位授予权和博士后流动站学科、国家儿科住院医师规范化培训基地、国家新生儿医学专科医师培训基地。所属儿科研究所设有国家工程实验室、全军和北京市重点实验室。医疗特色为“小、重、外，移、遗、发”，早产儿救治、儿童体外膜肺及连续血液净化等生命支持、介入肺科、中毒诊治，低龄低体重复杂结构畸形矫治及儿童外科疾病达芬奇机器人辅助腔镜手术，儿童造血干细胞移植和肝、肾、心脏移植，功能性遗传病诊治，神经精神行为健康保障和疾病诊治等。发表学术论文2000多篇，其中SCI 数100篇。获科技奖30项，含国家科技进步二等奖1项，军队医疗成果一等奖3项、二等奖13项，省部级一等奖2项、二等奖3项。