儿科医学部儿科研究所成立于2011年，同时为出生缺陷防控关键技术国家工程实验室、全军发育生物学重点实验室、儿童器官功能衰竭北京市重点实验室。现有高职专家30人。围绕儿童重病、儿童发育、细胞治疗、遗传诊疗四个主题，充实新生儿、儿童重病、儿童外科、儿童内科、神经发育、血液肿瘤、发育生物学实验室8个集成块。以提高技术能力，服务能力，创新能力为目的，充实匹配基础设施、人才培养、科学研究的平台条件，实现了规模、梯队、技术、教学、科研全面发展，为军队需要、国内领先、国际知名的儿童重症为核心的特色学科群。