儿科医学部派驻第六医学中心儿科成立于1954年，具有儿童特色康复室，24小时门急诊，儿童保健门诊，哮喘、过敏等专病门诊及细胞为特色的GMP实验室。现有高职专家4名，专业技术人员63人。科室在造血干细胞移植、儿童神经康复、危重新生儿救治方面形成了鲜明的技术特色。1999年完成了北京市和全军第一例脐血造血干细胞移植。造血干细胞移植治疗儿童骨髓衰竭性疾病，儿童遗传代谢病、原发性免疫缺陷病等非恶性疾病成功率达90-95%，达到国际领先水平。神经专业专注重症康复、亚急性重症脑损伤综合救治，多来源干细胞移植治疗儿童脑损伤居国内领先水平，神经再生医学研究多次获得科技部重大专项资助。新生儿专业曾为北京市级转诊中心，年收治新生患儿900～1400人次，转诊患儿300～400人次,无病生存最小胎龄25周，最小出生体重640g。