儿科医学部新生儿科成立于2007年7月，2020年7月学部制改革后整合为解放军总医院儿科医学部新生儿科。下设超早产儿（胎龄<28周）、极早产儿（胎龄<32周）、早产儿（胎龄<37周）、足月儿（胎龄≥37周）4个病区。现有高职专家6名，专业技术人员200多人。为全国新生儿专科联盟牵头单位和北京市危重新生儿市级转/会诊中心，形成了快速安全的危重新生儿转运网络，覆盖环京津冀等10余个省份，年转运危重新生儿数千名，是国内最大的新生儿救治中心之一。率先在国内开展了体外膜肺和CRRT、床旁PDA结扎术、ommaya囊埋植术、ROP激光光凝术等先进技术，获得国家和省部级科技成果奖10余项，牵头制定行业指南10多项。