儿科医学部小儿内科2020年7月由儿童基础内科、儿童神经科、儿童发育专科、儿童血液肿瘤和层流病房整合建立解放军总医院儿科医学部儿童内科，现有高职专家7人、专业技术人员100多人。儿童基础内科主要收治儿童呼吸、消化、肾病免疫等疾病；儿童神经发育科主要收治各类儿童神经系统疾病、发育迟滞等疾病；儿童血液肿瘤科则在恶性血液病及视网膜母细胞、肝母细胞瘤等儿童肿瘤疾病诊治方面形成了鲜明的技术特色。在儿童血液肿瘤造血干细胞移植技术、儿童难治性癫痫治疗、儿童发育促进方面在国内处于国内先进行列，创建的单倍体造血干细胞移植扩展了治疗适应症，治愈率达96.89%，长期生产率达73.41%。在国内率先建立了“早期、系统、坚持”为原则的儿童脑损伤干预体系，极大改善了脑损伤新生儿预后和远期生活质量，相关研究成果获得国家科技进步二等奖。