血液病医学部于2020年6月正式挂牌，由原解放军总医院血液科（原解放军第301医院），原军事医学科学院附属医院血液科（原解放军第307医院）、造血干细胞移植科、淋巴瘤科，中毒救治科；原解放军总医院第一附属医院血液科；原海军总医院血液科；原北京军区总医院血液科；原解放军第309医院血液科；原全军核化重点实验室，造血干细胞研究所，肿瘤学实验室和免疫学实验室整合重塑。优势重组后的血液病医学部是集医疗、科研、教学于一体的国家级急性放射病和血液病专业医疗科研机构，汇集了国内外知名的核化损伤及血液病救治专家，拥有一大批技术精湛、高素质的临床技术人员和科研人员，是国家临床重点专科军队建设项目、全军血液病中心、北京市重点学科。血液病医学部以第五医学中心南院区为总部，设有血液科、放射损伤救治科、化学损伤救治科、研究所。