耳鼻咽喉头颈外科医学部派驻第三医学中心耳鼻咽喉头颈外科，前身是原武警总医院耳鼻咽喉头颈外科。科室设有咽喉头颈，耳外科、眩晕等3个亚专科。现有高职专家7名，专业技术人员36人科室先后获得武警部队科技进步二等奖4项，北京市科技进步三等奖1项，中国产学研合作创新成果二等奖1项。眩晕病研究所于2007年11月成立，2014年获得“解放军创新群体”称号。眩晕及鼻颅底鼻眼相关专业在业内具有重要学术地位，且阻塞性睡眠呼吸暂停、鼻颅底及鼻眼相关疾病诊治方面取得巨大进展。