神经内科是神经内科医学部最大的亚专科，包括脑功能障碍、脑血管病、神经遗传变性病、神经肌肉病、癫痫、神经免疫疾病6个专业方向，涵盖神经病学领域的绝大多数疾病。开设神经肌肉活检病理诊断室、肌电图室、脑电图室、脑血管超声室、神经心理检查室，是亚洲唯一的国际头痛中心和北京市唯一授权的神经肌肉病会诊中心、卫计委脑卒中筛查与防治基地、血栓防治示范基地。近五年承担国家重点研发计划2项、国家科技支撑课题2项，国家自然科学基金、军队及省部级课题20余项，获北京市科技进步二等奖1项，中华医学会医疗成果二等奖1项。