神经外科医学部派驻第六医学中心神经外科现有高职专家8名，专业技术人员98人。拥有两个病区、一个ICU、2间专科手术室，另有伽玛刀治疗中心、微电极治疗中心及癫痫治疗中心。国内率先采用间质内放疗治疗多种肿瘤性疾病，使复发脑肿瘤、脑功能性疾病等不适合开颅手术的疾病得以有效治疗；是国内最早开展立体定向活检技术的单位之一，结合PET、功能束成像、磁共振波谱、神经电生理监测等先进影像和电生理技术，先后开展脑干、鞍区、松果体区等脑重要功能区病变的立体定向活检研究，活检阳性率为97.24%，活检手术目前国际报道例数最多；国内率先采用CT引导的脑立体定向手术技术，用于颅内病变的诊治。在此基础上不断创新发展，先后研制出六代拥有自主知识产权的无框架脑立体定向手术系统（机器人手术系统）及相应的手术计划软件，可与CT、MRI、PET-CT、DSA等多种影像学图像融合使用，使手术定位更精确、应用范围更广。为国内最早的头部伽玛刀中心之一，累计治疗患者16000余例，为国内治疗病例数最多的单位之一。临床疗效好、并发症发生率低，居国际领先水平。获国家科技进步二等奖、军队医疗成果二等奖各1项。