普通外科医学部派驻第五医学中心普通外科于2020年11月成立，由原解放军第307医院普外科、乳腺外科，原解放军第302医院门脉高压及普外科联合组建而成。现有高职专家9名，专业技术人员10人，科室以“全军肿瘤诊疗中心”为依托，与肿瘤学部紧密合作，建立MDT团队，定期开展消化道肿瘤MDT门诊。科室特色之一的乳腺外科专业曾是北京市规模最大的单病种乳腺外科之一。在国内最早开展乳腺癌保乳性根治、中央区保乳、前哨淋巴结活检、乳腺癌风险评估等；建立了全国唯一以门静脉高压症疾病为特色的专业外科中心，在肝脏肿瘤为主的腹腔镜肝脏外科方面有独特的建树，同时以合并感染性疾病的普通外科外科治疗方面积累了丰富的经验。开展腹膜后巨大肿瘤切除，晚期、复发直肠癌全盆腔脏器切除，全胰、全胃及脾脏联合脏器切除，胸骨后巨大甲状腺切除，甲状腺癌联合气管食道切除等手术。2014年科室成为北京地区第一个开展3D腹腔镜胃肠癌根治术的中心。2016年，达芬奇机器人手术迅速展开。