肿瘤医学部派驻第七医学中心肿瘤内科放射治疗科，1996年筹建成立，是北京市军队医院最早开设的肿瘤科之一。2000年被批准为北京军区肿瘤治疗中心，2005年被批准为全军肿瘤内科诊治中心，是国家级临床药理试验基地。为中国人民解放军第二军医大学、第三军医大学、解放军医学院、安徽医科大学、山西医科大学博、硕士培养点。主要技术特色为个体化化疗和个体化分子靶向药物及免疫治疗，癌痛规范化治疗为主的肿瘤姑息缓和治疗，激光光动力治疗，脑膜转移癌的综合诊治，癌症生存者的康复治疗，恶性肿瘤药物临床研究。