感染病医学部研究所由第五医学中心原细胞治疗研究室、临床数据中心（生物样本库）、实验技术保障中心、实验动物中心、感染性疾病研究室、图书馆、编辑部等部门组成，主要开展病毒性肝炎、艾滋病等重大传染性疾病以及新突发传染病的临床诊治、快速检测和基础研究，以及新型治疗方法的临床转化研究。研究所面积5000m2，建有GMP中试车间、生物学安全实验室，动物实验中心等，可同时进行病原微生物、病毒及临床疾病的分子生物学、免疫学、病理、细胞学及动物学等不同学科和层次研究工作，现有激光共聚焦显微镜、流式细胞仪等大型仪器设备价值逾3000万元。开展多项干细胞、免疫细胞治疗重大感染性疾病的基础和临床研究，取得重要研究成果。拥有病毒库、血清库、组织库、基因库和艾滋病/肝病前瞻性特色传染病随访队列，共保藏样本25万份，获得计算机开发软件著作权3项，《人类遗传资源库》项目于2020年通过了科技部人类遗传管理办公室的许可批件。图书馆拥有10多个中外著名的医学数据库，1万种期刊论文题录以及循证医学、多媒体、学位论文等检索平台。研究所依托学部的研究特色和临床优势，组建了国际一流的传染病诊治和研究人才队伍、硬件平台、技术储备以及相关的传染病防治的技术支撑体系。研究所现有一批在传染病专业领域有较高造诣，在军内外有一定影响力的学科带头人，并且拥有一支有较强科研、医疗、教学能力、梯队搭配结构合理的科技骨干队伍。