神经外科医学部派驻第五医学中心神经外科创建于1978年，是我国较早成立的神经外科之一，历经40年的发展，已成为集医疗、教学、科研于一体的国内一流科室，是军事医学科学院脑血管病中心、全军脑血管病中心，国家临床重点专科。现有高职专家4人，专业技术人员36人，年收治各类中枢神经系统疾病患者2500余人（次）。2002年在国内率先系统开展烟雾病的诊断和外科手术治疗，积累了国内最大一组烟雾病病例（9300余例次），牵头成立了首个烟雾病国际协作组，收治例数和治疗效果均居国际先进水平。承担国家、军队、北京市各类课题14项。获军队医疗成果一等奖、军队科技进步一等奖各1项。