普通外科医学部是全国和全军范围内普通外科领域的领衔学科。2008年入选北京市重点学科，近年来，承担了北京市首都发展计划、北京市科委重点课题、北京市自然科学基金等多项科研课题，拥有解放军医学院、清华大学医学院、南开大学医学院博士后导师6名，博士生导师12名，硕士生导师22名。近5年，学部培养“北京市科技新星”4人、博硕士研究生170余名。