创建于1999年，是我国最早的医院管理学科。2014年被原总后卫生部批准为军队医院管理研究所 担负军队医院管理智库职能。现任所长刘丽华，教授、博士生导师，兼任医疗大数据应用技术国家工程实验室副主任、中国卫生经济学会副会长、中国医院协会副秘书长兼医院标准化管理专业委员会主任委员、中国卫生信息学会医院统计专委会主任委员、全军卫生经济管理专业委员会主任委员。获国家科学技术进步二等奖1项，军队科学技术进步一、二等奖4项，获颁卫生信息行业标准15项。

医院管理研究所是以“统计、运营、绩效”管理为主体的职能科室，核心业务是围绕着全院医疗效率效益、质量安全、人财物运营和人员绩效，实施全过程、网络化、实时性运营监测、效果评价、信息服务与决策支持。同时担负着军队医院管理研究所、医疗大数据应用技术国家工程实验室、全军医院信息管理研究基地和相关职能任务和科学研究工作，并承担着解放军总医院卫生事业管理学、流行病与卫生统计学和老年医学专业的硕士、博士研究生培养工作。